Од фебруара 1944. логор је био у надлежности команде немачке полиције у НДХ. Логор је 17. маја исте године предат на управу хрватској усташкој полицији, али под контролом немачке полиције. Део заточеника је претходно пребачен у логор на Бањици где су пређли и командант логора и неки батинаши. Све малобројнији заточеници у логору на Сајмишту су и даље били изложени тешким условима живота, тортури, повремено и убијању. Као и раније, они су углавном депортовани у меначке концентрационе и радне логоре. Једна од последњих и највећих група интернираних на Сајмишту били су Јевреји упижени из Приштине 18. маја 1944. Њих 440 су ухапсили припадници немачке 21. СС дивизије „Скендербег” састављене од Албанаца са Косова И метохије. Током заточења и они су били изложени тортури усташких полицајаца, војника и капоа, а појединци су и убијени. После нешто више од месец дана, 23. јуна 1944. депортовани су у нацистички логор Берген Белзен.